Детское отделение в 1994 году переведено в отдельное здание по адресу: г. Ростов-на-Дону, 344022, Крепостной, 108. В структуре отделения 6 терапевтических, 2 ортодонтических, 1 хирургический кабинет, 1 кабинет гигиены.
Организовано и функционируют 3 стационарных стоматологических кабинета в школах Кировского и Ленинского районах города. С 1996 года детское отделение является координационным центром по проведению профилактики стоматологических заболеваний у детей города Ростова-на-Дону. Врачи поликлиники оказывают консультативную и лечебно-профилактическую помощь детскому населению г.Ростова-на-Дону и Ростовской области, принимают участие в диспансерном наблюдении детей первого года жизни и четырнадцатилетних подростков. В 2016 году получили лечение 51.765 детей и подростков, охвачено плановой санацией - 12.743, санирован 6491 ребенок.
В отделении выделен дифференцированный хирургический, терапевтический и ортодонтический приёмы. Лечебные кабинеты оснащены современным медицинским оборудованием.
Большое внимание врачи отделения уделяют профилактике стоматологических заболеваний у детей. Только в 2016 году детям проведено 48845 профилактических мероприятий. С этой целью широко проводятся герметизация фиссур постоянных зубов с использованием герметиков светового отверждения, методика глубокого фторирования. При лечении кариеса и его осложнённых форм используется стеклоиономерный цемент, компомеры, композиты химического и светового отверждения. При лечении маленьких детей, испытывающих страх перед стоматологическим вмешательством, применяется безболезненная методика атравматического восстановительного лечения — арт-методика. Все применяемые методики направлены на сохранение целостности зубочелюстной системы.
В ортодонтии применяются преортодонтические трейнеры, LM-активаторы, широко используется лечение с применением несъёмной Эджуайс-техники, при ранней потере зубов проводится заместительное протезирование. Для профилактики и ранней коррекции деформаций зубочелюстной системы, устранения вредных привычек и нарушений функции в самом раннем возрасте врачи используют стандартные миофункциональные аппараты.
На хирургическом приёме врачами проводятся все виды амбулаторных операций детям, в том числе, пластика уздечек губ и языка, хирургическая подготовка к ортодонтическому лечению. Широко применяются зубосохраняющие операции.
Врачи гигиенисты проводят профессиональную гигиену, в том числе, с применением ультразвуковой аппаратуры. Обучают детей и их родителей правилам гигиены полости рта, пропагандируют здоровый образ жизни.
В честь Дня защиты детей отделение проводит ежегодно акцию «Подари улыбку» для детей из многодетных семей Кировского и Ленинского районов. В рамках акции дети получают лечение зубов и профилактические мероприятия с применением современных стоматологических материалов фирмы «3М» бесплатно.